邓超出生在一个重组家庭，祖籍江西南昌，父亲是博物馆书记，母亲是工厂干部，母亲带着大姐、父亲带着大哥和二姐，然后结合有了邓超。2003年-2005年期间，邓超的父亲和大姐接连患病，使邓超一度陷入为筹医药费不挑戏接的低潮期。2011年初，邓超的父亲去世，此后邓超倍加珍爱孝顺母亲，用工作之外的时间陪伴她。
邓超的妻子是上海籍电视剧演员孙丽（艺名孙俪，1982年生，32岁），两人从《幸福像花儿一样》戏内相恋到戏外，2010年前为止，他们还合作了《甜蜜蜜》和《画壁》，也是荧屏拍档。2011年4月，邓超宣布已于2010年结婚。2011年4月至2012年2月，邓超息影10个月，期间推掉所有片约照顾首度怀孕的妻子。目前育有一子一女，大儿子涵之（小名等等，2011年生，3岁），小女儿涵一（小名小花妹妹，2014年生，半岁）。
邓超的挚友是编剧俞白眉，两人2001年话剧《翠花上酸菜》相识到现在，他们还是事业上的合伙人，合作做喜剧话剧和拍喜剧电影，邓超负责投资和表演，俞白眉负责为邓超量身打造剧本，两人对于喜剧的热爱一拍即合，《分手大师》后正准备开拍第二部"超氏喜剧"。
邓超最喜欢的运动是篮球，他和中戏的师兄弟们组了一个篮球队叫"剧人队"，不时约出来打比赛。拍戏的空档，还经常与相熟的圈内朋友组成篮球队切磋球技。
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